В XII веке в долине реки Урубамба возникло государство инков. Следует отметить, что инки — это не этнос, а правящий класс. За пять столетий инкское государство Тауантинсуйу превратилось в крупнейшую империю доколумбовой Америки. На севере граница проходила по реке Патия (Колумбия), на юге — по реке Мауле (Чили), на востоке власть инков распространялась на части территорий нынешних Бразилии, Парагвая и Аргентины. Основной отраслью производства эпохи инков было земледелие. Земля разрыхлялась палками, плуг был неизвестен. Возделывались маис, маниока, картофель, томаты, бобы, табак, кока и хлопок. Из домашних животных разводилась лама. Из ремёсел значительного развития достигли ткачество из хлопка и шерсти, гончарство (без гончарного круга), обработка золота, серебра, меди и бронзы. Кузнечные мехи были неизвестны — огонь раздувался через медные трубы. Неизвестны были и гвозди — доски связывались ремнями. Из камней, сложенных без цемента, строились здания, мосты и дороги. Вместо письменности использовались разноцветные шнурки с узелками (кипу). Основная масса населения — земледельцы — жила общинами, совместно обрабатывая землю. Треть урожая поступала в собственность инков, другая треть — храмам. Кроме того, общины отбывали трудовую повинность на строительстве дорог, мостов, дворцов и поставляли инкам солдат, а также рабынь для гаремов инков и для обслуживания жрецов. В 1524 проживавшие в Панаме конкистадоры Франсиско Писарро, Диего де Альмагро и священник Эрнандо де Луке начали завоевание Перу. В 1529 Писарро был назначен наместником вновь открытых земель. В 1531 Писарро с отрядом из 227 солдат отправился в третью экспедицию. Он воспользовался междоусобной борьбой за власть двух братьев-инков Атауальпа и Уаскара, и в 1533 занял столицу Перу — Куско. Писарро устроил суд над Атауальпой, обвинив его в мятеже против Уаскара, и казнил его.

В 1535 Писарро основал город Лиму, ставший столицей Перу. Тем временем между Писарро и Альмагро вспыхнула борьба из-за захваченной территории, в результате Альмагро был убит в 1538, а Ф.Писарро в 1541. В 1544 было учреждено вице-королевство Перу, первым вице-королем стал прибывший из Испании Бласко Нуньес Вела. Он ввёл новый закон, по которому индейцы после смерти конкистадоров переходили в собственность не к их наследникам, а во владение испанской короны. Это привело к восстанию конкистадоров во главе с Гонсало Писарро (братом Франсиско Писарро). Войска вице-короля Велы были разбиты, а сам он убит. Но через два года Гонсало Писарро и его соратники были разбиты войсками нового вице-короля. Индейцы несколько раз устраивали восстания против испанцев. Самым крупным было восстание индейцев в 1780-81, во главе с Хосе Габриэлем Кондорканки, объявившим себя потомком последнего правителя-инки Тупак Амару и присвоившим себе его имя. Это восстание, как и все предыдущие, было разгромлено, а предводитель восставших казнён. В эпоху освободительного движения в Южной Америке в начале 19-го века Перу было оплотом испанского колониализма. Из Перу королевские войска посылались в Аргентину, Чили, Колумбию. Но в 1820 в Перу высадился десант из 4,5 тыс. повстанцев во главе с «генералом» Сан-Мартином, прибывшим из Чили. Он взял Лиму и, провозгласив 28 июля 1821 независимость Перу, стал диктатором («протектором»). Однако вскоре в Лиме вспыхнуло восстание против Сан-Мартина, он был вынужден отказаться от власти и вернулся в Чили. В июне 1823 испанцы возвратили себе владычество над Перу.

В 1824 в Перу с севера вторглись войска Сукре, сподвижника Боливара. Они окончательно разбили испанцев. Боливар разделил Перу на две страны — собственно Перу, которым стал править сам, и Боливию (названную в его честь), которую он отдал под правление Сукре. История республики Перу в первые 20 лет её независимости заполнена борьбой с Боливией, восстаниями и переворотами. При президенте Кастилье с 1855 было отменено рабство. В 1864-65 Перу вместе с Чили, Боливией и Эквадором участвовало в войне против Испании. В 1879-83 шла Тихоокеанская война из-за боливийской провинции Антофагаста, богатой залежами селитры. В этой войне Чили начала военные действия против Боливии и Перу, заключившими военный союз. Перу потерпело поражение, чилийцы заняли почти всё южное побережье Перу и вошли в Лиму.

Религия: католики 81,3 %, евангелисты 12,5 %, другие 3,3 %, неопределившиеся и атеисты 2,9 % (по переписи 2007 года).