Христианская Церковь в Иерусалиме основана в день Пятидесятницы, в момент схождения Святого Духа на апостолов (Деян.2:1-41). Считается Матерью Церквей, так как из Иерусалима Евангелие распространилось по всему миру. Называлась так же Сионской церковью. Первым епископом Иерусалимской православной церкви считается апостол Иаков, брат Господень († ок. 63). После Иудейской войны 66—70 годов была разорена и уступила своё неформальное первенство Риму. С IV века происходило постепенное восстановление. В 451 году, постановлением IV Вселенского собора епископу Иерусалимскому дарован титул Патриарха, а Иерусалимская церковь занимает пятое место во Вселенском православном диптихе, после Римской, Константинопольской, Александрийской и Антиохийской церквей (после Великой схизмы 1054 года стала на четвёртое место). В VII веке пришла в упадок в связи с арабским нашествием. С приходом крестоносцев в 1099 году происходило вытеснение православных из храмов и монастырей; Патриархи Иерусалимские были вынуждены управлять церковью из Константинополя. В XIII—XV веках Палестину заняли мамлюки, которые разрушали храмы, уничтожали духовенство с целью искоренить любое напоминание о христианстве. Особенно положение ухудшилось после падения Византиии в 1453 году. Турецкое завоевание Палестины в 1517 году положило начало относительно спокойному периоду в жизни Иерусалимской православной церкви. Под оттоманским господством православный патриархат закрепил свои позиции на Святой Земле.


Состоит из двух митрополий (Птолемаидской и Назаретской) и одной автокефальной архиепископии (Синайская архиепископия), имеет 37 храмов и один монастырь в Иордании, 17 храмов в Израиле, 11 — в Палестине, а также ещё 24 монастыря, из них 19 небольших монастырей существуют в самом Иерусалиме — Старом Городе.  Самые известные монастыри: Святого Гроба Господня, Вифлеемский — около пещеры Рождества Христова, Иоанна Предтечи — у реки Иордан, на месте Крещения Господня, Лавра святого Саввы Освященного, монастырь святого Онуфрия Великого, Герасима Иорданского и пр. Автономная Синайская Архиепископия, с монастырем святой великомученицы Екатерины на Синае, управляется Высокопреосвященнейшим Архиепископом Синайским, Фаранским и Раифским; резиденция которого находится в Каире. Всего в Иерусалимской церкви — 19 архиереев (в основном греки). Храм Воскресения Христова (Гроба Господня) в Иерусалиме Иерусалимский Патриархат насчитывает около 130 тыс. верующих (в основном арабов), в самом же Иерусалиме — около 8 тыс. православных верующих. Богослужение совершается на греческом и арабском языках. 22 августа 2005 года Патриархом избран Феофил III. Патриаршая резиденция находится в Иерусалиме, патриаршим кафедральным собором является Храм Воскресения Христова (Гроба Господня). Иерусалимскому патриархату принадлежит около 18% земель Иерусалима. В апреле 2008 года Патриарх Феофил сообщил, что Иерусалимский Патриархат создал комиссию помощи русскоязычным приходам в Израиле.В апреле 2011 года Иерусалимский патриарх Феофил заявил о возможном прекращении евхаристического общения с Румынским Патриархатом из-за начатого последним строительства в Иерихоне румынского храма, возводимого архимандритом Иеронимом (Кречу).