После падения Византии и установления Османской империи началась массовая тюркизация и исламизация местного греческого, армянского и курдского населения, которое исповедовало православие или его восточные течения. К началу ХХ века в Малой Азии, равно как и в Восточной Фракии уже преобладали мусульмане, хотя православное большинство (71 %) сохранилось в районе Айдына (г. Смирна/современный Измир) и Трапезунда (Трабзона); православные также составляли около 45 % населения Стамбула (Константинополя), в том числе греки 38 %. По условиям греко-турецкого обмена населением 1923 года все христиане обязаны были покинуть Турцию, а мусульмане — Грецию. Исключения составляли мусульмане Западной Фракии в Греции и христиане Восточной Фракии в Турции, в том числе в Стамбуле. Большая часть последних покинула страну после погрома 1955 года. После 1955 года православие в Турции практически перестало существовать, хотя символически Константинопольский патриархат существует. При этом мусульманская община в Греции сохранилась и даже несколько увеличилась. На 2011 год по оценкам некоторых исследователей число православных в Турции составляет 0,008 % от численности населения страны (т. е около 5897 человек).