На территорию Молдавского княжества христианство пришло из Византии, в среде местного населения оно утвердилось в IX-XII вв. Константинопольский патриарх в течение многих веков управлял деятельностью молдавской церкви, но большинство ее священнослужителей долгое время происходили из соседних славянских княжеств. Церковно-славянский язык был в крае языком церкви и официальных актов вплоть до XVII в., когда начался процесс его вытеснения греческим в делопроизводстве, а затем и в храмах. В XIV в. складывается сильное феодальное княжество Молдавия (Молдова), которое вместе с соседней Валахией получает название «Дунайские княжества» (основная часть территории феодальной Молдавии ныне входит в границы Румынии). В 1401 г. в Молдавии учреждена собственная митрополия в составе Вселенского Константинопольского патриархата.  После падения Византии Молдавское княжество успешно противостояло османской экспансии и прославилось как оплот христианства, но в начале XVI в. оно была вынуждено принять режим оттоманского сюзеренитета. Взамен признания власти Стамбула и выплачиваемой султану дани княжество сохранило православие, право избирать господаря, на его территории запрещалась пропаганда ислама и строительство мечетей. В начале XVIII в. в условиях обострившегося соперничества между Османской империей и Россией, турки ликвидировали автономию Молдавии и передали ее под управление греков-фанариотов, жестокое правление которых продолжалось более столетия. В этот период в стране резко возросла численность греческого духовенства, богослужение было переведено на греческий язык, в стране процветала «симония»: на церковные должности назначались все, кто вносил солидное денежное пожертвование. Приходов на всех не хватало, и множество священников вело бродячий образ жизни, еще больше дискредитируя и без того невысоко ценившийся духовный сан. Греческое духовенство оставалось непопулярным: во время частых волнений местное население повсеместно изгоняло всех священников греческого происхождения.
После того как в результате русско-турецких войн край оказался в составе Российской империи, здесь была образована Бессарабская  область (позднее губерния), на всю территорию которой была распространена юрисдикция Русской православной церкви. Первый глава созданной Кишиневской епархии митрополит Гавриил принял серьезные меры к повышению нравственного и образовательного уровня священнослужителей. С присоединением к России началось переселение в край старообрядцев и последователей различных сект (духоборов, молокан, штундистов, немоляков, жидовствующих, иконоборцев и др.) из внутренних губерний империи и из Турции. В результате Бессарабия приобрела репутацию одного из наиболее либеральных в религиозном отношении районов и превратилась в крупнейший центр старообрядничества и сектанства в масштабах всей России. В 1830-х годах численность сектантов составила около 3,5 тыс. чел.  Позднее, по мере роста численности русских жителей, удельный вес сектантов постоянно уменьшался, и к середине XIX в. они составляли совсем незначительную часть населения. Быстрыми темпами увеличивалась численность иудаистских общин: в 1847 г. в Бессарабской губернии проживало 20232 еврея, а всего через 50 лет, в 1897 г., в 11 раз больше—228528 чел. В конце XIX в. численность еврейской общины в Бессарабии достигла 12% населения, причем в Кишиневе численность евреев составила почти половину городского населения (согласно переписи 1897 г. - 50257 из 108403 чел.) . В апреле 1903 г. в Кишиневе произошел первый на территории Российской империи погром еврейского населения (погибли 43 чел., из них - 39 евреев).
После революции 1917 г. большая часть Бессарабской губернии оказалась захвачена Румынией и стала ее рядовой провинцией. В 1925 г. Румынская православная церковь (получившая автокефалию в 1885г.) была окончательно выведена из подчинения Константинопольскому патриархату, и первым патриархом Румынской православной церкви был провозглашен митрополит (с 1919 г.) Мирон Кристя. Под ее юрисдикцию, вопреки протестам Русской православной церкви,  была передана вся территория Бессарабии. В отличие от СССР, где проводилась политика воинствующего атеизма, в управляемой румынами Молдавии религия продолжала пронизывать все стороны жизни и быта. В 1920-х годах здесь насчитывалось 1090 православных церковных приходов, 23 римско-католических костела и часовни, действовало 29 монастырей и скитов, 366 синагог, 19 старообрядческих храмов и около 600 молитвенных домов, принадлежавших различным религиозным организациям и сектам. Активность румынской церкви приобрела резко выраженный политический характер. Патриарх М.Кристя возглавлял правительство (вплоть до своей смерти в 1939 г.). Его кабинет выступил за создание «Великой Румынии», а в ноябре 1938 г. М. Кристя официально предъявил притязания Румынии на соседние приграничные территории СССР. В стране проводилась политика жестокой дискриминации нерумынского населения: по конституции занимать государственные посты и владеть землей разрешалось только румынам, был запрещен выпуск литературы на русском, украинском и других языках. В 1938 г. правительство патриарха Мирона ввело жесткую цензуру: из печати изымались малейшие упоминания о том, что Бессарабия входила ранее в состав России, а местная православная церковь была составной частью Русской православной церкви.
Во Вторую мировую войну Румыния вступила 22 июня 1941 г. на стороне Германии. Официальным предлогом стало «освобождение исконных румынских земель». После появления на территории Молдавии румынских войск еврейское население было сосредоточено в гетто и систематически уничтожалось (только в Кишиневском гетто было убито более 10 тыс. человек). Румынская церковь стремилась распространить свою юрисдикцию на оккупированные территории СССР, которые намечалось включить в состав «Великой Румынии». В целом же в среде духовенства и верующих Молдавии произошел раскол: часть православного духовенства и руководителей религиозных сект активно выступила на стороне фашистской Германии и Румынии, другая часть – оставалась нейтральной либо симпатизировала СССР и другим державам антигитлеровской коалиции. Накануне освобождения Молдавии в 1944 г. значительная часть духовенства бежала в Румынию, церкви закрылись из-за отсутствия священнослужителей. После разгрома фашистской Германии и образования Молдавской ССР, вся ее территория составила Кишиневскую епархию Русской православной церкви. В 1946-1947 гг. советские власти, стремившиеся ограничить влияние религиозных сект, в порядке репатриации добились возврата части прежних священников, возобновилось функционирование 601 православной церкви (из 950 зарегистрированных). Советский режим проводил дифференцированную политику по отношению к разным конфессиям, но все религиозные организации Молдавии оказались под жестким двойным контролем органов госбезопасности и уполномоченных по делам религий.
В первые послевоенные годы в Молдавии начался интенсивный рост различных сект. В 1946–1947 гг. республику поразила сильная засуха, но власти отказались уменьшать объемы обязательных поставок зерна государству, и это привело к массовой гибели людей от голода. Началась насильственная коллективизация, более 30 тыс. местных жителей было депортировано в отдаленные районы СССР. В такой обстановке вступление в религиозные секты превращалось в средство физического выживания людей и выражения социального протеста против политики советской власти. В отличие от православной церкви с ее подчеркнутой лояльностью государству и строго каноническими формами деятельности, сектанты зачастую резко критиковали режим. Одновременно они уделяли повышенное внимание социальной и благотворительной деятельности, произносили проповеди на молдавском, русском и других языках, понятных тем или иным людям разных национальностей, возрастов и социальных слоев. Предпринятые в Молдавии в конце 1940-х – 1950-х годов репрессивные акции против сектантов (аресты, конфискация имущества, массовые выселения и т.п.) не принесли результатов. В большинстве случаев деятельность сект продолжалась и даже активизировалась. С начала 1960-х годов власти отказались от массовых репрессий и сделали основной упор на агентурно-оперативную работу по разложению сект изнутри. В советский период истории Молдавии властям не удалось добиться  полного вытеснения религии из жизни общества. Даже значительная часть партийных и государственных чиновников отмечали религиозные праздники, время от времени посещали церкви. В отличие от сект, в православной общине большинство людей преимущественно ограничивалось исполнением обрядов, не соблюдало постов и других церковных ограничений, не стремилось к глубокому изучению религии, но, тем не менее, продолжало относить себя к православным христианам.
Провозглашенная в 1991 г. независимая Республика Молдова (РМ), ставшая правопреемницей Молдавской ССР, не избежала большинства общих для всего постсоветского пространства проблем. В то же время постсоветское развитие Молдовы имело собственную специфику, вызванную незавершенностью процесса национальной консолидации молдаван. Неопределенность в этнической самоидентификации и острая борьба между сторонниками и противниками идеи принадлежности молдаван к румынской нации, самым непосредственным образом сказалась на положении православной церкви и религиозной ситуации в целом. К моменту провозглашения независимости Молдовы на ее территории действовали следующие культовые общины и учреждения: православные церкви - 853, православные монастыри – 11.  На ремонте или реконструкции находилась 221 церковь.