С православными купцами и монахами христианство проникло в восточную Финляндию из Новгорода уже в ХII веке. Изначально центрами Православия были небольшие монастыри, однако уже в начале второго тысячелетия на Ладоге был основан Валаамский монастырь, а в конце XIV века и Коневецкая обитель. Печенгский монастырь на берегу Баренцева моря был основан в XVI веке. Однако в ходе продолжавшихся на протяжении последующих двух столетий войн монастыри оказались разорены до тла. В начале XVI века западные карельские земли оказались под шведским владычеством. Часть начеления бежала в Среднюю Россию, в то время как другая осталась в Карелии и были обращена в лютеранство. После завоевания Петром Великим Приладожья в начале XVIII века начался новый период в истории Православия в Карелии. Были возрождены Валаамская и Коневецкая обители на Ладоге, и в конце XIX века был восстановлен и Трифоно-Печенгский монастырь на севере. Приблизительно в те же годы была основана Свято-Троицкая женская община в Линтула, позднее получившая статус монастыря.

В начале XIX века в результате русско-шведской войны за передел сфер влияния в Финляндии между Россией и Швецией был заключен Фридрихсгамский мирной договор, по которому бывшие шведские земли в Финляндии (в т.ч. Выборгский лен) отошли к Российской империи. В результате этих перемен число православного населения в Финляндии выросло в десять раз. В крупных городах селилось православное купечество и чиновничество, а также размещались гарнизоны. Церковное управление в Финляндии осуществлялось митрополитом Санкт-Петербургским. В 1892-м году была основана самостоятельная епрахия Выборга и всей Финляндии. Православное население страны в те годы составляли карелы, русские, финны и лопари.

В результате переворота 1917-го года в России Финляндия обрела независимость. В независимой Финляндии Православная церковь получил статус государственной церкви наряду с Лютеранской. В 1921-м году патриарх Московский и всея Руси Тихон (Белавин) предоставил Финляндской Православной церкви статус автономной поместной церкви. Ввиду царящего в государственной жизни Советской России хаоса и затруднений, связанных с поддержанием связей с Москвой, Православное Церковное Управление обратилось во Вселенский патриархат с просьбой принять Финлядскую Православную Церковь под омофор патриарха Константинопольского. В соответствии с Томосом от 6.7.1923 Финляндская Православная церковь была принята под омофор Вселенского патриарха как православная автономная архиепископия.

В довоенное время деятельность церкви была особенно активной именно в Карелии, где функционировало большая часть приходов Финляндской Православной Церкви. После Второй мировой войны эвакуированное из Карелии население было расселено по всей стране и потому была создана новая сеть приходов. В 1950-е годы активно велось церковное строительство. Были созданы две епархии, территориально охватывавшие всю страну. Для Центральной Финляндии была создана Карельская епрахия, а Южная Финляндия и Лапландия, в соответствии с новым делением составили Гельсингфорсскую епархию. В 1979 году был открыт викариат Йоэнсуу, епископ которого исполнял свои архипастырские обязанности непосредственно под руководством главы поместной церкви Финляндии. В том же году была создана митрополия и рукоположен митрополит. Епархия стала функционировать с начала 1980-го года.